A endoscopia é capaz de identificar sinais de uma série de doenças muito comuns do trato digestório, como gastrites, esofagites e refluxo gastroesofágico, além de ajudar no diagnóstico de doenças mais graves, como hérnia de hiato e câncer de estômago.

A endoscopia também pode ser indicada como forma de detectar tumores precocemente, em especial os de esôfago e de estômago. De acordo com fatores de risco (como esôfago de Barrett ou presença de casos de câncer gástrico na família, por exemplo), o oncologista pode indicar a realização do exame com determinada frequência.